1、功能不同
虽然两种收款码都可以收钱，然而它们支持付费方式是不同的，商家收款码支持任何类型的银行卡，比如借记卡、信用卡等等，而个人收款码不支持信用卡，只可以用借记卡或零钱余额。
2、费率不同
商家收款码需要商家自己申请，通过后一般标准费率是0.6%，之后可以申请调低让其费率控制在0.3%-0.6%，但是之后提现是不会再收取费用的。而个人收款码申请的时候免费，但每次提现都会收取0.1%的手续费，且限额是20万。
3、提现方式不同
商家的收款码收到的钱会先到商家个人账户，第二天然后自动提现到绑定的银行卡中，申请的时候也需要提交相关的商家的资质。而个人收款码收到的钱会直接存入到零钱余额当中，不会自动提现而需要自己去操作。
4、其他不同
商家收款码可以查看经营的报表，并且还可以进行营销推广，比如使用一些支付优惠、派发优惠券等等，而个人收款码只能用于收钱，且没有经营报表，只能查看收款详情，也不能派发优惠券。
商家或个人的收款码各有各的好处，很难说两者谁更好，而是看自己更适合哪一种，如果是每天微信收款的金额比较大，且频率很高的话，商家收款码要显得更好一些，反之如果需要收款但金额不多，且频率也不高的话用个人的就行。